香格里拉县文物管理所是香格里拉县文化体育广电局的下属事业性文物保护机构。该管理所于1994年6月成立，事业管理人员编制2名，现有馆员中职1名、助理馆员1名。

文管所的职责是主要负责全县的文物、博物事业的综合管理，指导《中华人民共和国文物保护法》等法律、法规、规章和文物工作方针、政策在全县的贯彻执行；组织推荐全国重点文物保护单位、省级文物保护单位，组织审核县级文物保护单位；配合有关部门申报历史文化名城（村、镇、街区）、世界文化遗产；组织开展各级文物保护单位的保护、维修和“四有”工作；组织实施文化遗产调查和考古发掘工作；组织文物鉴定工作根据上级主管部门的有关规定，拟定全县文物、博物馆事业发展规划，协助有关部门管理文物市场；承办县文体局交办的其它事项。

2005年2月，州人民政府决定在全州范围内开展为期一年的文物普查工作。香格里拉县文体局、文管所根据全县实际配合州文管所、博物馆组织参与这次普查工作，对全县境内文物保护单位进行细致调查，普查工作取得了一批令人惊喜的成果。

2005年7月底至8月底，对独克宗古城的传统民居进行了全面调查，最后确定了49栋具有保护价值的民居，作为“重点保护民居”推荐给香格里县人民政府和独克宗古城管委会公布并挂牌保护。通过普查，基本摸清了独克宗古城1949年前老民居的建筑物点和建筑样式。

2005年9月底，开始对香格里拉县城区周围进行普查，对县城周围的文物线索作了详细调查。2006年2月开展为期一个月的金沙江岩画调查，对洛吉、渣日、车轴等地的岩画遗存进行详细的调查，新发现了12处岩画地点，使全州境内的岩画点增加到23处。

第三次全国文物普查以来，香格里拉县共有国家级重点文物保护单位1项，省级文物保护单位5项，州级文物保护单位9项，县级文物保护单位25项。