1988年，国务院批准设立“三江并流”国家重点风景名胜区；1993年，“三江并流”正式列入中国申报世界遗产的预备清单；1998年，云南省政府为实施中共云南省委提出的“建设绿色经济强省、民族文化大省、中国连接东南亚国际大通道”的战略，并出于通过创世界遗产品牌推动云南旅游业发展，决定加快“三江并流”申报世界遗产的工作进度。当年，经省委、省政府同意，云南省建设厅正式向中国联合国教科文组织全委会和国家建设部提出了申报申请。申报申请得到了支持，并同意云南省正式开展申报工作。
2002年1月17日，经国务院原副总理
李岚清、
温家宝、
钱其琛等领导分别签字批准，中国
联合国教科文组织全委会、外交部、建设部联合发文同意，“三江并流”成为中国唯一的世界遗产申报项目，并正式报送到联合国教科文组织世界遗产中心。
2002年10月8日-20日，国际自然保护联盟的专家对云南“三江并流”地区进行了实地考察。2003年6月，该联盟向联合国世界遗产委员会推荐，建议将“三江并流”按满足世界自然遗产全部四条标准列入《世界遗产名录》。
