近年来，香格里拉县稳步推进农村卫生工作，农民健康工程、农村卫生基础设施建设、新型农村合作医疗等一项项卫生民心工程为农村群众撑起了安全伞。自2003年全面启动实施新型农村合作医疗工作以来，香格里拉县积极做好相关政策的宣传和资金筹集工作，不断完善实施办法，制定科学的补助标准和基金管理措施；多次组织开展由各乡（镇）、开发区和定点医疗机构参加的新农合培训班；药品采购实行“统一竞价采购，统一配送”，促进了新农合工作的开展。全县参合人数从2003年的9.42万人增加到2012年的11.40万人，参合率从87.21%提高到97.55 %，参合人数逐年增加，受益面进一步扩大。在补偿水平方面，筹资标准从2003年的32元提高到2012年的290元；2008年至2012年11月，全县共计补偿参合农民56.03万人次，补助金额8791.84万元，受益人数达101.95万人次，进一步减轻了农民群众的医疗负担。
全县建有203个农家卫生室，目前农家卫生员享受每人每月50元的农村低保待遇，人均补助资金由实施时的每月150元提高到每月200元。为加强管理，各乡镇卫生院安排一名专职副院长进行管理，同时对203名农家卫生员进行不定期的卫生专业技术培训，过去五年间共完成农家卫生员培训787人次。农民健康工程的开展，在解决农村群众看病就医难问题方面发挥了积极作用，极大方便了群众的看病就医。
农村卫生基础设施有了较大的变化。五年来共投资3144.7万元，完成了23个边疆民族健康工程无业务用房和村卫生室建设项目、尼西乡卫生院门诊综合楼和住院部及附属工程设施、洛吉乡卫生院及门诊综合楼及整体搬迁、14个村卫生室等建设项目。投资上千万元为县、乡医疗机构配备了医疗救护车、业务用车等医疗设备，努力改善就医环境，提高了农村卫生服务保障能力。
此外，为实现“人人享有初级卫生保健”规划目标，保证农村卫生工作正常有序开展，全县加大了乡村一体化管理力度，乡村卫生组织一体化管理以村为单位覆盖率达100%。完成乡村医生中（藏）医药适宜技术培训、业务骨干培训、参加省级专家讲座、卫生技术人员进修、短期培训、学科带头人培训等上千人次，通过培训、学习，提高了卫生专业技术人员的业务技术水平，逐步建立了一支具有较高专业素质的农村医疗卫生服务队伍。
