据史载，金光寺始建于崇祯戊戌年，即公元1628年。到了明朝末叶，金光寺已经发展到有僧房 36间，并以它为中心向周围地区辐射，兴建起了9庵 18寺，钟磬之声，广布十里。香火鼎盛，蔚为壮观。可惜，由于岁月的剥蚀和人为的破坏，如今大部分的寺院都已是残墙断壁，荒草萋萋，只有金光寺等为数不多的几所寺院得以幸存下来。
据现藏于宝台山金光寺内的《立禅和尚语录》卷一记载：宝台山金光寺的第一代主持梵山和尚在云游至湖广的路途中，遇到了宝台山的僧人破麈师，破麈师向梵山和尚诗意地描述了宝台山一年四季的旖旎风光：“台山宝物，非俗子轻易识之。百为读经，青折念佛，春暖树吐莲花，夏薰竹交玉笋；秋冬二季，桂梅斑竹芳菲，野樱山茶馥郁。遗失衣物，路旁土人见之亦不拾取。幽深静邃，周围十有由旬，午夜常闻钟鼓声声，丑寅醮听鸡鸣，犬吠日绿，西云结彩风清，绿萝洗翠山间。出座市上，罕稀古人，因此唤作清静宝台。”梵山和尚听了破麈师的介绍后，对宝台山心往神向，便四处化募，于崇祯戊戌年在宝台山修建了金光寺。
明代著名的地理学家徐霞客曾在崇祯12年（即公元1639年）的5月，慕名游览了宝台山和金光寺并在他的《徐霞客游记》中这样写道：“寺创于崇祯初元，其先亦丛蔽之区，立禅师寻山见之，为焚两指，募开丛林，规模宏敞，正殿亦南向，八角层甍，高十余丈，址盘数亩。其脉自东北圆穹之顶，层跌而下，状若连珠，而殿紧倚之……”
金光寺在清代曾盛极一时，被誉为滇西地区的“大清莲花古弥勒道场”。现存寺内的《宝台法主临济下第三十八世玉汉和尚功行记碑》，是叶榆（大理）崇圣瑞鹤观嗣法门人王怀撰选，鸡足传衣嗣法门人正务书丹，感通寺、崇圣寺、鸡足山等僧同立。寺门之上的“金光寺”匾额，系曾任云贵监察使的腾冲李根源先生所题写。此外，杨升庵、担当、李元阳等历代名人高僧，都曾多次登临宝台山并留下了他们珍贵的墨宝。由此可见，金光寺当时的名声之盛。
