此后，纳西族先民退回金沙江中游流域；500多年间，在唐朝、南诏、吐蕃三大强势的夹缝间苦苦周旋，艰难生存。这种特殊的生存环境铸就了纳西族深沉坚韧、灵活机动的民族性格。同时，纳西族的文化受到这三大文化圈的润泽，以东巴文化为代表的民族文化由此滥觞。宋代，纳西族先民的政治环境有了改善：北部的吐蕃王朝分崩离析；南诏也陷入了混乱；东边的宋王朝则穷于应付北方游牧民族，无力经略西南。“故自南诏以后，麽些之境，大理不能有，吐蕃不能至，宋亦弃其地，成瓯脱之疆，经三百五十年之久。”纳西族由此获得了一个难得的独立发展时机。在社会经济生产获得充分发展的同时(农耕文明已取代半耕半牧的生产状态)，政治上分散的麽些部落渐趋统一；东巴文化体系逐渐宏大完善。

清代以后，木府势力渐趋衰微。原因是西藏又一次纳入中央王朝辖治的版图，使丽江失去了“西南藩篱”的政治区位优势，且木氏土司把持的庄园领主经济渐已成为阻碍生产力发展的消极因素。1723年丽江实行改土归流，木氏土司此后一蹶不振，受益的是丽江经济，丽江的地主经济得到迅速发展。手工业也渐趋繁盛，丽江古城的格局最终形成。殉情现象由此大量蔓延，丽江被外人称为“殉情之都”。

鸦片战争以后，纳西族地区也进入了社会动荡时期，此间以丽江人俗称“乱世十八年”尤为惨烈。清咸丰、同治年间，大理杜文秀起义涉及丽江，进行了长达18年拉锯战，丽江损失惨重。张星源先生的《丽江史略》有载：“道光年间(1821—1850年)户口下6405户，男妇大小3128276个光绪朝户口15152、男女大小46456个，较之道光朝减户口五分之四，人丁八分之一，咸同回汉歼杀之残酷可知也。”

辛亥革命时纳西族人民积极响应，宣布脱离清政府统治，并参加了护国运动等反帝批封建运动；抗日战争中纳西族为国捐躯者达400多人，因当时大陆交通线被日军切断，后期缅甸失陷，中国的陆路交通线只余昆明——大理——丽江——拉萨——尼泊尔——印度这一条。丽江成为重要中转站，丽江的商业、文化、教育由此盛极一时。

1949年7月1日，丽江和平解放。1961年成立丽江纳西族自治县。1996年，丽江发生7级大地震，死伤3200多人，经济损失达45亿元。1997年12月丽江古城被联合国教科文组织评为“世界文化遗产”；2003年6月，“三江并流”被评为“世界自然遗产”同年9月，纳西族东巴古籍被入选“世界记忆遗产名录。”2003年7月1日，丽江撤地改市，原丽江纳西族自治县分成玉龙纳西族自治县和古城区。

[3] 纳西族主要聚居于云南省古城区、玉龙纳西族自治县，其余分布在维西、中甸（今香格里拉）、宁蒗、德钦和四川盐边、盐源、木里及西藏的芝康等县。

据史学家考证，纳西族原是中国西北古羌人的一个支系，大约在公元三世纪迁徙到丽江地区定居下来。人口27.8万多人（1990年第4次人口普查）。