一九三六年四月八日下午，贺龙、任弼时、关向应、王震紧急磋商，决定放弃从元谋渡江的计划，改由滇西金沙江上游渡江。四月九日九时左右，红六师在师长郭鹏、政治委员廖汉生率领下全部折返六甲地区。

    六甲阻击战，歼敌四百余名，给敌人以重大打击，迫使滇军再不敢紧追。红六师也付出了很大的代价，师长郭鹏、第十八团政治委员杨秀山、参谋长陈刚都负了伤，该团三个营长伤一亡一，九个连长伤亡八人。这次胜利，为红二、六军团调整部署赢得了时间，争取了主动，从而为实施由滇西金沙江上游渡江的计划，创造了有利的条件。贺龙、任弼时、关向应、肖克、王震等研究了下一步的行动，认为能否甩开滇军主力，争取数日机动时间，是渡江的一个重要问题。他们认为：在强敌围追堵截的不利形势下，灵活机动，抓住时机，抢在樊嵩甫、李觉、郭汝栋三个纵队围拢上来之前佯攻昆明。龙云势必调回他的主力一部或大部去保卫昆明，这样红军就可减轻或摆脱敌人的纠缠，即刻掉头加速西进，预期可能争取三至五天的机动时间，以保证部队渡过金沙江。四月十日凌晨，红二、六军团开始行动，以急行军掉头南下，巧妙地穿过孙渡、张冲两部间隙直奔昆明。四月十二日，贺龙、任弼时、关向应致电朱德、张国焘，报告了普渡河之战和改变由元谋渡江的经过情况，以及决定向巨甸前进，设法在该地渡江的计划，请予接应。为了缩短进军时间，争取早日渡江，贺龙、任弼时将红二、六军团分为左右两路，不顾敌机的骚扰轰炸，日夜兼程西进。红二、六军团每下一城，都缴获甚多，吃的穿的，无所不有，虽然日行百里，但体力强壮，情绪高昂。国民党军仍想迫红二、六军团于金沙江边决战，顾祝同、龙云一面令孙渡、李觉、樊嵩甫纵队跟踪尾追，一面令郭汝栋纵队从元谋以北渡江，向华坪、永北急进，以便抢先控制金沙江北岸，前堵后追，围歼红二、六军团于金沙江南岸之鹤庆、丽江地区。然而，由于红二、六军团进军神速，这一计划同样化为泡影。

    到达鹤庆后，军委分会召开会议，确定了渡江部署：以红四师为前卫首先渡江，以红十六师担任掩护，最后渡江。 四月二十四日，红四师从鹤庆出发到丽江，二十五日抵石鼓，沿江寻找船只，动员船工并组织工兵、民工赶扎竹筏和木排。红二军团主力和红六军团则于二十六日先后到达石鼓。
    石鼓是金沙江上游的重要渡口，也是通往康藏地区的重要门户。石鼓到上游的巨甸相距一百二十里，金沙江由北向南湍湍而下。在这个地带，红二、六军团前卫部队和后续部队共找到七只船，还有自制的竹筏、木排，动员了二十八个船工，开设了木瓜寨、木取独、余化达、格子、士可等五个渡口。从二十五日夜开始起渡，人员全部乘船或竹筏、木排，马匹则涉水泅渡。到二十八日黄昏，一万七千人马除一只船翻落江中外，全部顺利渡过了金沙江。
    滇军刘正富旅风风火火地赶到江边，见红二、六军团已经过了金沙江，又看见红军写下的大幅醒目标语“来时接到宣威城，走时送到石鼓镇，费心、费心，请回、请回”，啼笑皆非。
    朱德、张国焘得知红二、六军团已胜利渡过金沙江，四月三十日发来贺电：“金沙既渡，会合有期，捷报传来，全军欢跃，谨向横扫湘黔滇万里转战的红二、六军团致以热烈的祝贺和革命的敬礼。”
    红二、六军团渡江后，蒋介石气急败坏地乘飞机至金沙江边的宾川、鹤庆、丽江一带巡视，立即决定追歼红二、六军团于金沙江、大渡河之间，令驻雅江之李韫珩部向康南推进，南北夹攻，截断红二、六军团与四方面军的联系。
    为策应红二、六军团渡江，红三十二军(原中央红军第九军团)由道孚南下，击溃敌两个团后进占雅江，阻止了李韫珩部南进。此时追击的国民党军疲惫不堪，无法克服藏区物质条件和高原气候、地形方面的困难，滇军、湘军为保存实力也不愿人康远追，所以都相继停了下来，改为防堵红二、六军团南返。孙渡纵队防守金沙江南岸；郭汝栋纵队防守华坪、永北；樊嵩甫纵队防守盐源、盐边；川军李家钰部防守西昌、会理；原驻川西的蒋系薛岳部防守大渡河之线，对红二、六军团与四方面军采取封锁态势。至此，敌人南北夹击红二、六军团的计划彻底破产。